Plusieurs années après la fin de Bubblegum Crisis, les choses se sont calmées, du moins en apparence. Sylia a disparu, Priss a enchaîné les managers, Nene travaille toujours avec la police AD et tente de maintenir l'idéal des Knight Sabers, et Linna s'est lancée dans la bourse et s'en sort bien. Les choses sont calmes, jusqu'à ce qu'un groupe de mercenaires se faisant appeler l'Armée Illégale commence à attaquer des entreprises de haute technologie, volant des pièces rares. Sylia revient avec de nouveaux équipements pour reformer les Knight Sabers, mais seront-ils capables de affronter l'Armée Illégale et ceux qui sont derrière eux?