Vários anos após o fim de Bubblegum Crisis, as coisas se acalmaram, ou assim parece. Sylia desapareceu, Priss tem tropeçado de um gerente para outro, Nene ainda está trabalhando com a AD Police e tentando manter viva a ideia dos Knight Sabers, e Linna se mudou para o mercado de ações e está se saindo muito bem. As coisas estão calmas, até que um grupo de mercenários se autodenomina Exército Ilegal começa a atacar empresas de alta tecnologia, roubando peças raras. Sylia retorna com novo hardware para reformar os Knight Sabers, mas eles serão capazes de enfrentar o Exército Ilegal e quem está por trás deles?