Diversi anni dopo la fine di Bubblegum Crisis, le cose si sono calmate, o almeno così sembra. Sylia è scomparsa, Priss è passata da un manager all'altro, Nene sta ancora lavorando con la AD Police e cercando di mantenere vivo l'ideale dei Knight Sabers, e Linna si è trasferita nel mercato azionario e sta andando piuttosto bene. Le cose sono tranquille, finché un gruppo di mercenari chiamato Illegal Army inizia ad attaccare aziende ad alta tecnologia, rubando pezzi rari. Sylia torna con nuove attrezzature per riformare i Knight Sabers, ma saranno in grado di affrontare l'Illegal Army e chiunque sia dietro di loro?