Toscane du XVIIe siècle, Italie. Alors que la sinistre menace de la peste plane sur l'Europe, la novice sincèrement dévote de huit ans, Benedetta Carlini, est amenée au couvent théatine de la Mère de Dieu à Pescia en tant qu'épouse de Jésus-Christ. Dix-huit longues années plus tard, alors que des murmures inquiétants de miracles discutables scandalisent les sœurs cloîtrées, une épreuve de foi attend la profondément pieuse Benedetta sous la forme de Bartolomea meurtri, maltraité et terrestre : une jeune femme fuyant son père violent. Maintenant, alors que sous l'œil vigilant de l'abbesse cynique Felicita, des aperçus fugaces du fruit défendu invitent à une intimité provisoire, à des désirs ingouvernables et à d'intenses obsessions diaboliques, et soudain, les signes sacrés de la foi se manifestent dans le corps de sœur Benedetta. Mais, peu peuvent lutter contre la culpabilité et en sortir indemne. Y a-t-il une échappatoire au péché quand la chair est l'ennemi ?