Roger Wilco, le brave concierge interstellaire qui a déjà sauvé l'univers de nombreux grands dangers, est maintenant dans une position très embarrassante. Ses commandants ne montrent aucun respect pour ses actions courageuses. Au lieu de cela, il est accusé de toutes sortes de violations contre la loi galactique, est privé de tous les honneurs qu'il a reçus et, en signe de miséricorde, est autorisé à retourner à son ancien travail - nettoyer les placards... Mais ces événements malheureux ne sont que le début de problèmes bien plus importants dans lesquels Roger va se retrouver. Une fois de plus, l'avenir de la galaxie dépend de lui ! Space Quest 6 tourne autour d'un complot de Sharpei, une veuve âgée d'un amiral de la StarCon pour vivre pour toujours. Son complot impliquait le vol d'un corps plus jeune et d'y placer sa conscience. Roger Wilco est entraîné dans ce complot contre son gré en tant que corps à utiliser, mais il est sauvé à la dernière seconde par son ami et ancien amour Stellar Santiago. En sauvant Roger, Stellar est vraisemblablement tué dans une explosion, mais en réalité a été kidnappé par Sharpei et est utilisé comme son nouveau corps. Après avoir reçu un appel de détresse du Stellar supposé mort, Roger est déterminé à la retrouver et à la sauver.