Roger Wilco, der tapfere interstellare Hausmeister, der das Universum bereits vor vielen großen Gefahren gerettet hat, befindet sich jetzt in einer sehr peinlichen Lage. Seine Kommandeure zeigen keinen Respekt vor seinem mutigen Vorgehen. Stattdessen werden ihm allerlei Verstöße gegen das galaktische Gesetz vorgeworfen, alle Ehren, die ihm zuteil wurden, und darf als Zeichen der Gnade zu seinem alten Job zurückkehren - Kleiderschränke putzen... Aber diese unglücklichen Ereignisse sind nur der Anfang von viel größeren Problemen, in die Roger geraten wird. Wieder einmal hängt die Zukunft der Galaxie von ihm ab! Space Quest 6 dreht sich um eine Verschwörung von Sharpei, einer älteren Witwe eines StarCon-Admirals, die für immer weiterleben soll. Ihr Komplott bestand darin, einen jüngeren Körper zu stehlen und ihr Bewusstsein darin zu platzieren. Roger Wilco wird gegen seinen Willen als zu verwendender Körper in diese Verschwörung hineingezogen, aber er wird in letzter Sekunde von seinem Freund und ehemaligen Geliebten Stellar Santiago gerettet. Bei der Rettung von Roger wird Stellar vermutlich bei einer Explosion getötet, aber in Wirklichkeit von Sharpei entführt und als ihr neuer Körper verwendet. Nachdem Roger einen Notruf von der angeblich toten Stellar erhalten hat, ist er entschlossen, sie zu finden und zu retten.