Le commandant Benjamin Sisko, dont la vie a changé après que sa femme a été tuée dans la bataille avec les Borgs à Wolf 359, doit prendre le commandement de la station spatiale Deep Space Nine près de Bajor. La station avait été construite par les Cardassiens, comme Terok Nor, mais récemment reprise par les Bajorans après la fin d'une occupation très oppressive de leur planète. La tâche de Sisko : La station avait été laissée en ruines - dépouillée par les Cardassiens après leur retrait. Les marchands se préparent à partir et son commandant bajoran, le major Kira Nerys, semble ne pas aimer la Fédération. Lorsque Sisko arrive à parler avec Kai Opaka, le chef religieux bajoran, elle lui dit qu'il est l'émissaire tant attendu des Bajorans. Une fois que le commandant Sisko arrive avec son fils adolescent, Jake, ils sont présentés à l'agent de DS9, un " métamorphe " nommé Odo, et à Quark, un Ferengi, qui, en tant que propriétaire du bar sur la promenade de la gare, est également à la tête de l'Association des marchands de la Promenade. Bientôt, l'officier scientifique de la Fédération, Jadzia Dax, un Trill : le médecin Dr Julian Bashir, et le chef des opérations, Miles O'Brien arrivent, et avant même qu'il y ait une chance de s'installer et de commencer les opérations de nettoyage, un mystérieux trou de ver apparaît, présentant la capacité inhabituelle d'avoir une stabilité - qu'aucun autre trou de travail n'avait jamais démontré. Très vite, ce qui était initialement considéré comme un avant-poste aux confins de la Fédération - et, le Quadrant Alpha - s'avère être un carrefour ; pour certains, des races et des dangers familiers ; à d'autres, jamais rencontrés auparavant.