Il comandante Benjamin Sisko, la cui vita è cambiata dopo che sua moglie è stata uccisa nella battaglia con i Borg a Wolf 359, prenderà il comando della stazione spaziale Deep Space Nine vicino a Bajor. La stazione era stata costruita dai Cardassiani, come Terok Nor, ma recentemente rilevata dai Bajoriani dopo che un'occupazione molto opprimente del loro pianeta era terminata. Il compito di Sisko: la stazione era stata lasciata in rovina - spogliata dai Cardassiani dopo che si erano ritirati. I mercanti si stanno preparando a partire e il suo comandante bajoriano, il maggiore Kira Nerys, sembra non gradire la Federazione. Quando Sisko parla con Kai Opaka, il leader religioso bajoriano, lei gli dice che è l'emissario tanto atteso dei bajoriani. Quando il comandante Sisko arriva con suo figlio adolescente, Jake, vengono presentati al conestabile di DS9, un 'mutaforma' di nome Odo, e Quark, un Ferengi, che, come proprietario del bar sul lungomare della stazione è anche a capo della Promenade's Merchant Association. Presto, l'ufficiale scientifico della Federazione, Jadzia ...