O comandante Benjamin Sisko, cuja vida mudou depois que sua esposa foi morta na batalha contra os borgs em Wolf 359, vai assumir o comando da estação espacial Deep Space Nine perto de Bajor. A estação havia sido construída pelos cardassianos, como Terok Nor, mas recentemente assumida pelos bajoranos após o fim de uma ocupação muito opressiva de seu planeta. Tarefa de Sisko: a estação ficou em ruínas - despojada pelos cardassianos depois que eles se retiraram. Os mercadores estão se preparando para partir, e seu comandante bajorano, Major Kira Nerys, parece não gostar da Federação. Quando Sisko consegue falar com Kai Opaka, o líder religioso bajorano, ela diz que ele é o emissário tão esperado dos bajoranos. Assim que o comandante Sisko chega com seu filho adolescente, Jake, eles são apresentados ao policial do DS9, um 'metamorfo' chamado Odo, e Quark, um ferengi, que, como proprietário do bar no calçadão das estações também é chefe da Associação de Comerciantes da Promenade. Logo, o oficial de ciências da Federação, Jadzia ...