L'archeologo e avido risolutore di enigmi, il professor Layton e il suo assistente Luke ripensano a uno dei loro primi casi insieme ... La famosa cantante Janice Quatlane richiede l'aiuto di Layton dopo uno strano incontro con una bambina. La ragazza afferma di possedere la vita eterna e di essere la reincarnazione dell'amica di Janice, Melina. Layton e Luke assistono alla nuova opera di Janice. Alla fine dello spettacolo, gli ospiti sono sorpresi di scoprire che l'intero teatro dell'opera è stato trasformato in una nave e un uomo misterioso ora li tiene tutti prigionieri. L'uomo li costringe a risolvere una serie di enigmi. Il vincitore riceverà il segreto della vita eterna, ma potrebbe significare la morte per i perdenti ....