O arqueólogo e ávido solucionador de quebra-cabeças Professor Layton e seu assistente Luke relembram um de seus primeiros casos juntos ... A famosa cantora Janice Quatlane pede a ajuda de Layton após um estranho encontro com uma garotinha. A menina afirma possuir a vida eterna e ser a reencarnação da amiga de Janice, Melina. Layton e Luke assistem à nova ópera de Janice. No final da apresentação, os convidados ficam surpresos ao descobrir que toda a casa de ópera foi convertida em um navio e um homem misterioso agora os mantém em cativeiro. O homem os força a resolver uma série de enigmas. O vencedor receberá o segredo da vida eterna, mas pode significar a morte para os perdedores ....