Materia oscura racconta la storia di una zona di guerra in tempo di pace. La location del film è il campo di prova del Salto di Quirra (Sardegna, Italia) dove, per oltre cinquant'anni, i governi di tutto il mondo hanno testato 'nuove armi' e dove il governo italiano ha effettuato esplosioni controllate di vecchie scorte di armi, mettendo inesorabilmente territorio. In questo contesto il film comprende tre movimenti.