È l'anno 2306. Sono passati tredici anni da quando il capitano James T. Kirk fu spazzato via dal Nexus, dopo aver salvato l'equipaggio della USS Enterprise-B. I restanti membri dell'equipaggio dell'originale USS Enterprise hanno preso strade separate. Il Capitano Nyota Uhura e il Capitano Pavel Chekov, insieme al Capitano John Harriman dell'Enterprise-B, si riuniscono per una dedica speciale in onore dell'Enterprise di Kirk. La loro riunione viene interrotta quando ricevono una chiamata di soccorso da un pianeta misterioso, che spinge i tre amici a intraprendere una missione che cambierà le loro vite per sempre.