É o ano de 2306. Treze anos se passaram desde que o Capitão James T. Kirk foi levado pelo Nexus, após salvar a tripulação do USS Enterprise-B. Os membros restantes da tripulação da USS Enterprise original seguiram caminhos separados. O Capitão Nyota Uhura e o Capitão Pavel Chekov, junto com o Capitão John Harriman da Enterprise-B, se reúnem para uma dedicação especial em homenagem à Enterprise de Kirk. Seu reencontro é interrompido quando eles recebem um telefonema de socorro de um planeta misterioso, que pressiona os três amigos a embarcarem em uma missão que mudará suas vidas para sempre.