Es el año 2306. Han pasado trece años desde que el capitán James T. Kirk fue arrastrado por el Nexus, después de salvar a la tripulación del USS Enterprise-B. Los restantes miembros de la tripulación del USS Enterprise original se han ido por caminos separados. El Capitán Nyota Uhura y el Capitán Pavel Chekov, junto con el Capitán John Harriman del Enterprise-B, se unen para una dedicación especial en honor al Enterprise de Kirk. Su reencuentro se interrumpe cuando reciben una llamada de socorro de un misterioso planeta, que presiona a los tres amigos para embarcarse en una misión que cambiará sus vidas para siempre.