De 1995 a 2047, o mundo sofreu conflitos contínuos enquanto a Iniciativa de Defesa Global (GDI) das Nações do G7 luta contra a obscura ordem religiosa da Irmandade de Nod (NOD) por causa de uma substância preciosa, embora venenosa, que está se espalhando pelo mundo, adaptando o planeta ao seu ambiente estranho à medida que avança, Tiberium. O líder de Nod, conhecido apenas como Kane, por anos moldou o futuro do mundo para cobrir o mundo completamente em Tiberium e introduzir a humanidade na próxima etapa da evolução humana. Kane, marcado pela Irmandade como "O Messias", liderou Nod em duas guerras de Tiberium contra GDI e duas vezes GDI destruiu Kane e colocou Nod de joelhos, mas não conseguiu destruí-los. Após quarenta anos de guerra, o mundo está mergulhado no Tiberium, no conflito, na corrupção e na esperança. GDI está finalmente começando a lutar contra Tiberium, mas há algumas coisas espreitando na escuridão esperando para sair. É hora de GDI pegar suas armas para lutar novamente, pelo mundo.