Von 1995 bis 2047 hat die Welt unter andauernden Konflikten gelitten, als die Global Defense Initiative (GDI) der G7-Nationen den schattenhaften, religiösen Orden der Brotherhood of Nod (NOD) wegen einer kostbaren, aber giftigen Substanz bekämpft, die sich über die Erde ausbreitet Welt, die den Planeten an seine fremde Umgebung anpasst, Tiberium. Nods Anführer, nur als Kane bekannt, hat jahrelang die Zukunft der Welt gestaltet, um die Welt vollständig in Tiberium abzudecken und die Menschheit in den nächsten Schritt der menschlichen Evolution einzuführen. Kane, von der Bruderschaft als "Der Messias" bezeichnet, führte Nod in zwei Tiberium-Kriege gegen GDI und zweimal zerstörte GDI Kane und zwang Nod auf die Knie, konnte sie aber nicht zerstören. Nach vierzig Jahren Krieg taucht die Welt in Tiberium, Konflikte, Korruption und Hoffnung ein. GDI beginnt endlich, Tiberium zurückzuschlagen, aber es gibt einige Dinge, die in der Dunkelheit lauern und darauf warten, herauszukommen. Es ist an der Zeit, dass die GDI zu ihren Waffen greift, um erneut für die Welt zu kämpfen.