Um submarino japonês é perdido e o capitão de outro submarino japonês descobre que foi propositalmente. Tudo para preparar sua tripulação para sua verdadeira missão, operar secretamente o primeiro submarino nuclear japonês, The Seabat, em cooperação com os Estados Unidos. No entanto, as coisas tomam um rumo inesperado quando a tripulação comandada pelo capitão Kaieda se amotina e muda o nome do barco, Yamoto. Agora os EUA e o Japão estão em uma busca frenética pelo submarino renegado, enquanto o capitão segue seu plano que vai abalar as relações com os dois países em seu núcleo.