Un sottomarino giapponese si perde e il capitano di un altro sottomarino giapponese viene a sapere che è stato deliberato. Era tutto per preparare il suo equipaggio per la sua vera missione, per gestire segretamente il primo sottomarino nucleare giapponese, il Seabat, in collaborazione con gli Stati Uniti. Tuttavia, le cose prendono una piega inaspettata quando l'equipaggio del capitano Kaieda si ammutina e rinomina la barca, la Yamoto. Ora gli Stati Uniti e il Giappone sono alla ricerca frenetica del sottomarino rinnegato mentre il Capitano segue il suo piano che sconvolgerà le relazioni con i due paesi fino al midollo.