Un submarino japonés se pierde y el capitán de otro submarino japonés se entera de que fue deliberado. Todo fue para preparar a su tripulación para su verdadera misión, operar en secreto el primer submarino nuclear japonés, The Seabat, en cooperación con los Estados Unidos. Sin embargo, las cosas toman un giro inesperado cuando la tripulación del capitán Kaieda se amotina y cambia el nombre del barco, Yamoto. Ahora, EE. UU. Y Japón están en una búsqueda frenética del submarino renegado mientras el Capitán sigue adelante con su plan que sacudirá las relaciones con los dos países hasta la médula.