Abstergo'dan kaçtıktan sonra, Desmond Miles, Lucy Stillman tarafından bir suikastçı güvenli evine götürülür ve 15. Yüzyıl Rönesans İtalya'sından gelen atası Ezio Auditore da Firenze'nin genetik anılarına erişir. Babasının ve kardeşlerinin öldürülmesine tanık olduktan sonra Ezio bir suikastçı olur ve suçu işleyenlerden intikam almaya yemin eder. Ailesinin ve Leonardo da Vinci de dahil olmak üzere gerçek tarihi şahsiyetlerin yardımıyla Ezio, kendisini doğrudan dünyanın dini merkezine ve Papa VI. .