Geolog Dr. Carl Maia, Üst Amazon havzasında bir keşif gezisinde, bazı kayalara gömülü bir fosil keşfeder, bu da bilinmeyen bir yaratığın pençesidir ve ne olursa olsun güçlü olduğunu gösterir. Yaratığın amfibi özelliklerine sahip olması nedeniyle, eski bir öğrencisi olan ihtiyolog Dr. David Reed ile danışır, şu anda Brezilya'daki bir deniz biyolojisi enstitüsünde çalışmaktadır. Dr. Maia, David'i ve enstitüden diğerleri dahil olmak üzere ekibi, fosilin geri kalanını ortaya çıkarmak için keşfe katılmaya ikna edebilir. Ekip, David'in patronu Dr. Mark Williams ve Mark'ın araştırma asistanı olan aynı zamanda David'in kız arkadaşı olan Kay Lawrence'ı da içerir. Keşfi finanse etmeyi kabul eden Mark'ın amacı, genellikle enstitüdeki önemli herhangi bir araştırmanın kredisini almasıdır, bu hırsı genellikle onu David ile karşı karşıya getirir. İlk bulunan yerde çalıştıklarında, fosilin geri kalanını bulmaya çalışsalar da başarısız olurlar, David, jeolojik kanıtlardan yola çıkarak, fosilin muhtemelen Black Lagoon olarak bilinen kolu yukarıda daha ileride olabileceğine inanmaya başlar. Sonunda keşfettikleri şey, böyle bir yaratığın hala lagünde var olduğudur. Bu keşifte devam eden David ve Mark arasındaki düşmanlık, ekibin bazı veya tüm üyeleri için ölümcül bir kombinasyon olabilir, çünkü potansiyel olarak ölümcül yaratık hakkında ne yapacaklarına karar vermeleri gerekebilir.