Géologue Dr. Carl Maia, lors d'une expédition dans le bassin de l'Amazone supérieure, découvre un fossile incrusté dans une roche, c'est la griffe d'une créature inconnue qui démontre que quoi que ce soit était puissant. Avec des caractéristiques de la créature amphibie, il consulte, entre autres, un ancien élève, l'ichtyologiste Dr. David Reed, actuellement en poste dans un institut de biologie marine au Brésil.
Dr. Maia parvient à convaincre non seulement David mais aussi d'autres membres de l'institut de se joindre à l'expédition pour déterrer le reste du fossile, l'équipe comprenant le patron de David, le Dr. Mark Williams, et l'assistante de recherche de Mark, Kay Lawrence, qui se trouve également être la petite amie de David. Mark accepte de financer l'expédition dans le but de réaliser son ambition, prenant souvent le crédit pour toute recherche significative à l'institut, ambition qui le met souvent en conflit avec David.
Lorsqu'ils travaillent sur le site de la découverte initiale pour essayer de trouver le reste du fossile sans succès, David commence à croire, d'après les preuves géologiques, qu'il pourrait se trouver en amont du tributaire dans ce qui est connu sous le nom de la Lagune Noire. Ce qu'ils découvrent finalement, c'est qu'une telle créature existe toujours dans la lagune. L'animosité qui existe entre David et Mark, qui se poursuit lors de cette expédition, pourrait s'avérer être une combinaison mortelle pour certains ou tous les membres de l'équipe alors qu'ils décident de ce qu'il convient de faire face à la créature potentiellement mortelle.