Pinky (Rob Paulsen) ve Beyin (Maurice LeMarche), genetik olarak geliştirilmiş iki laboratuvar faresi hala dünyayı ele geçirmeye çalışıyor. Ancak artık ACME Labs'deki karargahlarını kaybettiklerinden, hayvanı aşırı seven Elmyra Duff'ın (Cree Summer) evinde faaliyet gösteriyorlar. Şimdi Pinky ve Beyin, Elmyra'dan ve bir mahalle kabadayısından sürekli olarak kaçınmalıdır. Buna Beyni yakalamaya çalışan gizli bir organizasyonu ekleyin. Tüm komplikasyonlar göz önüne alındığında, Pinky ve Brain'in planları genellikle siz "TROZ! ZORT!" demeden önce başarısız olur.