SOMA, PATHOS-2 adlı bir sualtı araştırma tesisinde geçmektedir. Bir süre sonra, dünyanın yüzeyi meteor çarpışmalarıyla harap oldu. Son insan bilim adamlarının her gün hayatta kaldıkları, izolasyonlarına karşı savaştıkları yer. Ancak kısa süre sonra tesisteki makineler insani özellikler ve bilinç kazanmaya başlar. Ana kahraman Simon Jarrett, arkadaşı ve yolcusu Ashley'i öldüren ve ona ciddi beyin hasarı ve kraniyal kanama bırakan ölümcül bir araba kazasında olduğu Mayıs 2015'te başlıyor. Jarrett, harap bir tıbbi laboratuvarda deneysel bir beyin taramasını kabul eder, bu sırada bayılır ve PATHOS-2'nin Upsilon şubesinde oraya nasıl geldiğini bilmeden uyanır.