SOMA findet in einer Unterwasserforschungseinrichtung namens PATHOS-2 statt. Einige Zeit später wurde die Erdoberfläche durch Meteoritenkollisionen verwüstet. Wo die letzten Humanwissenschaftler Tag für Tag überleben und ihre Isolation bekämpfen. Aber bald beginnen die Maschinen in der Anlage menschliche Eigenschaften und Bewusstsein anzunehmen. Der Hauptprotagonist Simon Jarrett beginnt im Mai 2015, als er einen tödlichen Autounfall hatte, der seine Freundin und Beifahrerin Ashley tötete und ihn mit schweren Hirnschäden und Hirnblutungen zurückließ. Jarrett stimmt einem experimentellen Gehirnscan in einem heruntergekommenen medizinischen Labor zu, bei dem er ohnmächtig wird und im Upsilon-Zweig von PATHOS-2 aufwacht, ohne zu wissen, wie er dorthin gelangt ist.