Zweiundvierzig Jahre nach ihrem ersten Besuch in Tokio kehrt Mothra zurück, um die Menschheit zu warnen, dass sie Mechagodzilla zusammen mit Godzillas Knochen ins Meer zurückbringen müssen, denn die Toten dürfen nicht gestört werden. Wenn nicht, werden schlimme Konsequenzen folgen. Doch Godzilla wütet erneut und Mechagodzilla ist Japans einzige Verteidigung.