Quarantadue anni dopo la sua prima visita a Tokyo, Mothra torna per avvertire l'umanità che deve riportare Mechagodzilla, insieme alle ossa di Godzilla, in mare, perché i morti non devono essere disturbati. In caso contrario, seguiranno conseguenze disastrose. Tuttavia, Godzilla è di nuovo su tutte le furie e Mechagodzilla è l'unica difesa del Giappone.