Quarenta e dois anos após sua primeira visita a Tóquio, Mothra retorna para alertar a humanidade de que eles devem devolver Mechagodzilla, junto com os ossos de Godzilla, ao mar, pois os mortos não devem ser perturbados. Se não, consequências terríveis virão. No entanto, Godzilla está mais uma vez agitado, e Mechagodzilla é a única defesa japonesa.