Quarante-deux ans après sa première visite à Tokyo, Mothra revient pour avertir l'humanité qu'elle doit ramener Mechagodzilla, avec les os de Godzilla, à la mer, car les morts ne doivent pas être dérangés. Sinon, des conséquences désastreuses suivront. Cependant, Godzilla est à nouveau déchaîné et Mechagodzilla est la seule défense du Japon.