Cuarenta y dos años después de su primera visita a Tokio, Mothra regresa para advertir a la humanidad que deben devolver a Mechagodzilla, junto con los huesos de Godzilla, al mar, porque los muertos no deben ser molestados. De lo contrario, seguirán graves consecuencias. Sin embargo, Godzilla está una vez más alborotado, y Mechagodzilla es la única defensa de Japón.