Fünfzig Jahre sind vergangen, seit die menschliche Rasse nach dem ersten Krieg gegen Außerirdische den Weltraum kolonisiert. Acht Jahre vergehen nach den Ereignissen von Macross Frontier, zwischen der Begegnung der 25. Grenzflotte und den Vajras. Macross Delta findet im Jahr 2067 statt und zeichnet die Ereignisse eines mysteriösen Virus namens VAR auf, wodurch der Wirt dieses Virus unglaublich gewalttätig wird. Das Militär stellt eine taktische Toneinheit zusammen, um den Virusruf Walküre auszurotten, und für den Schutz dieser Einheit ist das Delta-Geschwader verantwortlich. Der Ausgang dieses neuen Krieges wird eine ganze kugelförmige Ansammlung von Planeten betreffen.