Han pasado cincuenta años desde que la raza humana se aventure para colonizar el espacio profundo, tras la primera guerra contra los extraterrestres. Pasan ocho años después de los acontecimientos de Macross Frontier, entre el encuentro de la flota de la 25th Frontier y los Vajras. Teniendo lugar en 2067, Macross Delta narra los eventos de un virus misterioso llamado VAR, lo que hace que el anfitrión de este virus se vuelva increíblemente violento. Los militares montan una Unidad Táctica de Sonido para erradicar el virus llamada Walküre, y los encargados de proteger esta unidad es el Escuadrón Delta. El resultado de esta nueva guerra afectará a todo un cúmulo globular de planetas.