Cinquenta anos se passaram desde que a raça humana se aventurou para colonizar o espaço profundo, após a primeira guerra contra alienígenas. Oito anos se passaram após os eventos de Macross Frontier, entre o encontro da frota da 25ª Fronteira e os Vajras. Tendo lugar em 2067, Macross Delta narra os eventos de um vírus misterioso chamado VAR, tornando o hospedeiro deste vírus incrivelmente violento. Os militares montam uma Unidade Tática de Som para erradicar o vírus chamada Walküre, e quem se encarrega de proteger esta unidade é o Esquadrão Delta. O resultado desta nova guerra afetará todo um cúmulo globular de planetas.