Sono passati cinquant'anni dalle avventure della razza umana per colonizzare lo spazio profondo, dopo la prima guerra contro gli alieni. Otto anni passano dopo gli eventi di Macross Frontier, tra l'incontro della 25esima flotta di frontiera e il Vajras. Avvenuto nel 2067, Macross Delta racconta gli eventi di un misterioso virus chiamato VAR, rendendo l'ospite di questo virus incredibilmente violento. I militari assemblano un'unità tattica del suono per sradicare il virus chiamata Walküre, e quelli incaricati di proteggere questa unità è lo Squadrone Delta. L'esito di questa nuova guerra influenzerà un intero cumulo globulare di pianeti.