Cinquante ans se sont écoulés depuis que la race humaine s'aventure pour coloniser l'espace lointain, après la première guerre contre les extraterrestres. Huit ans s'écoulent après les événements de Macross Frontier, entre la rencontre de la flotte du 25th Frontier et des Vajras. Se déroulant en 2067, Macross Delta relate les événements d'un mystérieux virus appelé VAR, rendant l'hôte de ce virus devenu incroyablement violent. L'armée assemble une unité tactique du son pour éradiquer le virus appelé Walküre, et la personne chargée de protéger cette unité est l'escadron Delta. L'issue de cette nouvelle guerre va affecter tout un cumulus globulaire de planètes.