Kurz nach dem lustigen Abenteuer von Sly and Whit in Baby Geniuses (1999) finden sich eine neue Gruppe intellektueller Kleinkinder, Archie, und seine Freunde Finkleman, Alex und Rosita in einem ruchlosen Plan des mächtigen Medienmoguls wieder. Bill Biscane. Diesmal haben die Babys jedoch einen Verbündeten im Kampf gegen das Böse: den ultracoolen Superhelden-Spion Kahuna. Als er sich mit dem Baby-Team verbündet, beginnt ein Wettlauf gegen die Uhr, um den schurkischen Biscane davon abzuhalten, mit seinem hochmodernen Satellitensystem die Gedanken der Kinder auf der ganzen Welt zu kontrollieren. Kann das Team der Superbaby-Genies den Tag retten?