Peu de temps après l'aventure amusante de Sly et Whit dans Baby Geniuses (1999), un nouveau lot de bambins intellectuels, Archie, et ses amis, Finkleman, Alex et Rosita, se retrouvent empêtrés dans un plan infâme conçu par le puissant magnat des médias, Bill Biscane. Cependant, cette fois, les bébés ont un allié dans leur combat contre le mal : l'espion super-héros ultra-cool, Kahuna. Alors qu'il s'associe à la baby-team, une course contre la montre commence, pour empêcher le méchant Biscane d'utiliser son système satellite de pointe pour contrôler l'esprit des enfants du monde entier. L'équipe de super-bébés génies peut-elle sauver la situation ?