Pouco depois da divertida aventura de Sly e Whit em Baby Geniuses (1999), um novo lote de crianças intelectuais, Archie, e seus amigos, Finkleman, Alex e Rosita, encontram-se emaranhados em um esquema nefasto desenvolvido pelo poderoso magnata da mídia, Bill Biscane. Porém, desta vez, os bebês têm um aliado em sua batalha contra o mal: a super-heroína espiã ultra-cool, Kahuna. Enquanto ele se junta à equipe de bebês, uma corrida contra o relógio começa, para impedir o vilão Biscane de usar seu sistema de satélite de última geração para controlar as mentes das crianças em todo o mundo. A equipe de gênios super-bebês pode salvar o dia?