Poco dopo la divertente avventura di Sly e Whit in Baby Geniuses (1999), un nuovo gruppo di bambini piccoli intellettuali, Archie, ei suoi amici, Finkleman, Alex e Rosita, si ritrovano invischiati in un nefasto schema ideato dal potente magnate dei media, Bill Biscane. Tuttavia, questa volta, i bambini hanno un alleato nella loro battaglia contro il male: Kahuna, la super-fantastica spia del supereroe. Mentre unisce le forze con il baby-team, inizia una corsa contro il tempo, per impedire al malvagio Biscane di usare il suo sistema satellitare all'avanguardia per controllare le menti dei bambini di tutto il mondo. Riuscirà il team di super-baby geni a salvare la situazione?