Poco después de la divertida aventura de Sly y Whit en Baby Geniuses (1999), un nuevo grupo de niños pequeños intelectuales, Archie, y sus amigos, Finkleman, Alex y Rosita, se ven envueltos en un nefasto plan ideado por el poderoso magnate de los medios de comunicación. Bill Biscane. Sin embargo, esta vez, los bebés tienen un aliado en su batalla contra el mal: el superhéroe superhéroe espía, Kahuna. Mientras une fuerzas con el equipo de bebés, comienza una carrera contrarreloj para evitar que el villano Biscane use su sistema de satélite de última generación para controlar las mentes de los niños de todo el mundo. ¿Puede el equipo de superbebés genios salvar el día?