Guybrush Threepwood est un pirate en herbe qui vient de se retrouver sur une île des Caraïbes, appelée Mêlée Island. Ici, il apprend de trois vieux pirates au grog swing qu'il y a trois choses à maîtriser pour être un pirate : Vous devez savoir comment clôturer, comment trouver un trésor et comment piller l'acier. Ainsi, les premières quêtes de Guybrush sont le maître de ces choses. Par exemple, lorsque vous clôturez quelqu'un, votre maniement de l'épée n'est pas la chose la plus importante, mais ce qui compte vraiment, c'est votre intelligence. Si vous insultez votre adversaire et qu'il ne trouve pas de réponse rapide, vous avez le dessus. D'un autre côté, s'il propose une réponse rapide, il obtient l'avantage. Guybrush apprend à clôturer et à trouver un trésor et lorsqu'il essaie de voler une petite statue dans le manoir du gouverneur, il rencontre le gouverneur, qui s'avère être une belle jeune femme du nom d'Elaine et Guybrush tombe amoureux d'elle. À son grand désarroi, à l'instant où il maîtrise les trois tâches, Elaine est kidnappée par le pirate fantôme LeChuck, qui sera désormais l'ennemi juré de Guybrush. Il apprend qu'elle a été emmenée sur la mystérieuse île aux singes et d'une prêtresse vaudou, il apprend que pour s'y rendre, il a besoin d'une carte, d'un navire et d'un équipage.