Guybrush Threepwood est un aspirant pirate qui vient de débarquer sur une île des Caraïbes, appelée Mêlée Island. Ici, il apprend de trois vieux pirates buveurs de grog qu'il y a trois choses à maîtriser pour être un pirate: il faut savoir se battre à l'épée, trouver un trésor et voler du butin. Ainsi, les premières quêtes de Guybrush sont de maîtriser ces choses. Par exemple, lorsqu'on se bat à l'épée, ce n'est pas tant l'habileté au combat qui compte, mais ce qui est vraiment important, ce sont vos méninges. Si vous insultez votre adversaire et qu'il ne trouve pas de réponse rapide, vous avez l'avantage. En revanche, s'il trouve une réponse rapide, c'est lui qui a l'avantage. Guybrush apprend à se battre à l'épée et à trouver des trésors et lorsqu'il essaie de voler une petite statue au manoir du gouverneur, il tombe sur le gouverneur, qui se révèle être une belle jeune femme du nom d'Elaine et Guybrush tombe amoureux d'elle. Bien malgré lui, dès qu'il a maîtrisé les trois tâches, Elaine est kidnappée par le pirate fantôme LeChuck, qui sera désormais l'ennemi juré de Guybrush. Il apprend qu'elle a été emmenée sur la mystérieuse Monkey Island et d'une prêtresse vaudou, il apprend qu'il a besoin d'une carte, d'un navire et d'un équipage pour s'y rendre.