En 2642, la Terre reste marquée par des conflits extraterrestres et 80% de la population mondiale a été dévastée par une grille d'armes hyper-magnétique défectueuse pendant le développement. Bill Rizer, le héros d'Alien Wars, a été tenu pour responsable de l'incident, ainsi que du meurtre de son partenaire Lance Bean, qui aurait tenté de l'arrêter. Bill a été condamné à 10 000 ans de prison cryogénique. Mais cinq ans plus tard, en 2647, la Terre est soudainement menacée par une organisation terroriste appelée Blood Falcon, dirigée par un mystérieux commandant. Le triumvirat, le gouvernement au pouvoir, libère Bill avant d'avoir purgé sa peine. Une femme soldat et cyborg, Lucia, a été désignée pour devenir la partenaire de Bill Rizer pour sa mission.