Nel 2642, la Terra rimane segnata dai conflitti alieni e l'80% della popolazione mondiale è stata devastata da un malfunzionamento della griglia di armi iper-magnetiche durante lo sviluppo. Bill Rizer, l'eroe di Alien Wars, è stato ritenuto responsabile dell'incidente, oltre che dell'omicidio del suo partner Lance Bean, che avrebbe cercato di fermarlo. Bill è stato condannato a 10.000 anni di prigione criogenica. Ma cinque anni dopo, nel 2647, la Terra viene improvvisamente minacciata da un'organizzazione terroristica chiamata Blood Falcon, guidata da un misterioso comandante. Il Triumvirato, il governo al potere, rilascia Bill prima di completare la sua condanna. Una donna soldato e cyborg, Lucia, è stata assegnata per diventare la partner di Bill Rizer per la sua missione.