Tutto è iniziato con una leggenda tramandata dal Popolo dell'Acqua: da qualche parte in questo mondo, c'è un Tempio del Mare creato dal Popolo dell'Acqua. Il Sea Temple contiene un tesoro nascosto chiamato Sea Crown, ma nessuno ha mai visto la Sea Crown, o anche il Sea Temple, perché il tempio è protetto da un meccanismo segreto. Il tempio si sposta inosservato in un vasto oceano, in attesa - in attesa ... Ash e Pikachu incontrano Lizabeth, una discendente del Popolo dell'Acqua, e scoprono la leggenda. Incontrano anche Jackie, un Pokémon Ranger in missione segreta per proteggere un uovo di Manaphy (Manaphy è misteriosamente noto come Il principe del mare) e trovano anche il Tempio del mare. Il fantasma ha intenzione di ottenere la corona del mare e conquistare il mondo, ma prima ha bisogno dell'uovo di Manaphy. Ora Lizabeth e Ash devono aiutare Jackie a proteggere l'uovo e fermare il malvagio pirata.