È il giorno della fondazione della colonia. Josh chiede a papà Jim di controllare Boylan, che il comandante Taylor grida senza pietà sulla talpa dei Sixers, quindi usa un'overdose di siero della verità. Così Jim viene a sapere di un segreto sepolto sotto l'albero dei pellegrini, che Malcolm sa essere la presunta prima casa di Taylor come fondatore della colonia. Lì Jim trova un cadavere, a cui manca un braccio, proprio come manca il generale Philbrick. Nel frattempo una libellula gigante distrutta viene trovata colpita da un chip dai Sixers. Malcolm lo ripara per tracciare la linea di comunicazione della loro talpa. Quando entra nella casa di Shannon, Jim viene arrestato perché sospettato di essere la talpa di Mira, ma viene presto rilasciato dopo aver sentito la storia di Taylor sulla parte di suo figlio Lucas negli ignobili veri motivi per la fondazione della colonia.