Sechs Monate nach der Zerstörung des alten Miltian Star Systems mit dem Erscheinen von Abels Arche deckt Shion Uzuki Informationen auf, die dazu führen, dass Vector für die folgende Krise verantwortlich ist, die als Gnosis-Terrorismus bekannt ist. Sie tritt von Vector zurück und tritt der Untergrund-Anti-UMN-Organisation Scientia bei. Eine Organisation, die sich der Aufdeckung der Verbrechen von Vector widmet. Nach weiteren sechs Monaten erhält Shion eine Einladung von ihrem Ex-Kollegen Allen Ridgeley nach Fifth Jerusalem, nur um festzustellen, dass das Kos-Mos-Projekt durch das T-Waffen-Projekt ersetzt werden soll. Die Haupteinheiten des Projekts sind das Remake der Omega-Waffe, die für die Zerstörung von Miltia verantwortlich war, und ein weiblicher Kampf-Android, der Kos-Mos ähnelt, bekannt unter dem Namen T-elos. Nach dem Erscheinen eines Stückchens Land im Weltraum finden sich Shion und ihre Gruppe in Wendungen und verzweifelten Maßnahmen wieder, um eine Prophezeiung zu erfüllen, als die Hauptfraktionen der Galaxie in Konflikt geraten, der zum Ende des Universums führen könnte.