Eski Miltian Yıldız Sisteminin Abel's Ark'ın ortaya çıkmasıyla yok edilmesinden altı ay sonra, Shion Uzuki, Vector'in Gnosis Terörizmi olarak bilinen aşağıdaki krizden sorumlu olmasına yol açan bilgileri ortaya çıkarır. Vector'den istifa etti ve Yeraltı anti-UMN örgütü Scientia'ya katıldı. Vector'in suçlarını ifşa etmeye adanmış bir örgüt. Altı Ay daha geçer ve Shion eski iş arkadaşı Allen Ridgeley'den Beşinci Kudüs'e davet alır, ancak Kos-Mos projesinin T-Silah projesiyle değiştirileceğini öğrenir. Projenin ana birimleri, Miltia'nın yok olmasına neden olan Omega Silahının yeniden çevrimi ve T-elos adıyla bilinen Kos-Mos'a benzeyen bir Kadın Savaş Android'idir. Uzayda bir kara parçasının ortaya çıkmasının ardından, Shion ve grubu, galaksinin büyük grupları, evrenin sonu olabilecek bir şeye doğru giden bir çatışmaya girerken, kendilerini bir kehaneti gerçekleştirmek için dolambaçlı ve umutsuz önlemlerin içinde bulurlar.