A sei mesi dalla distruzione dell'Antico Sistema Stellare Miltiano con l'apparizione dell'Arca di Abele, Shion Uzuki scopre informazioni che portano Vector a essere responsabile della seguente crisi nota come Gnosis Terrorism. Si dimette da Vector e si unisce all'organizzazione Underground anti-UMN, Scientia. Un'organizzazione dedita a denunciare i crimini di Vector. Passano altri sei mesi e Shion riceve un invito dal suo ex collega Allen Ridgeley per la Quinta Gerusalemme, solo per scoprire che il progetto Kos-Mos sarà sostituito dal progetto T-Weapon. Le unità principali del progetto sono il remake dell'arma Omega che è stata la causa della distruzione di Miltia, e un androide da battaglia femminile simile a Kos-Mos, noto con il nome di T-elos. Dopo la comparsa di un pezzo di terra nello spazio, Shion e il suo gruppo si ritrovano coinvolti in colpi di scena e misure disperate per realizzare una profezia, mentre le principali fazioni della galassia entrano in conflitto portando a quella che potrebbe essere la fine del ...