Seis meses desde la destrucción del Old Miltian Star System con la aparición del Arca de Abel, Shion Uzuki descubre información que lleva a Vector a ser responsable de la siguiente crisis conocida como Gnosis Terrorism. Ella renuncia a Vector y se une a la organización subterránea anti-UMN, Scientia. Una organización dedicada a exponer los crímenes de Vector. Pasan otros seis meses, y Shion recibe una invitación de su ex compañero de trabajo Allen Ridgeley a la Quinta Jerusalén, solo para descubrir que el proyecto Kos-Mos será reemplazado por el proyecto T-Weapon. Las unidades principales del proyecto son el remake del Arma Omega que fue la causa de la destrucción de Miltia, y una Androide de Batalla Femenina que se parece a Kos-Mos, conocida con el nombre de T-elos. Tras la aparición de un trozo de tierra en el espacio exterior, Shion y su grupo se ven envueltos en giros y medidas desesperadas para lograr una profecía, mientras las principales facciones de la galaxia entran en conflicto que conducen a lo que podría ser el fin del ...